Ишимбайский район расположен в правобережье среднего течения реки Агидель.
Административный центр – город Ишимбай, расположен в 160 км к югу от города Уфы. Соседом на севере является Гафурийский, на востоке – Белорецкий и Бурзянский, на юге – Мелеузовский, на западе – Стерлитамакский районы.
По району протекают более 40 рек с длиною более 8 км. С юга на север протекает река Белая. Река Селеукпротекает с юго-востока на северо-запад, впадает в р. Белую, как и река Зиган. Две трети территории района покрыты лесами, разнообразен и богат животный и растительный мир.
