Площадь территории составляет 95,5 кв.км. (0,1% от площади республики). Горно-Алтайск расположен в центре Азиатского материка на 51049/ северной широты, 85065/ восточной долготы, абсолютная высота над уровнем моря 272-305 метров. Такое внутриконтинентальное географическое расположение в сильной степени оказывает влияние на все природные компоненты города.