Кугарчинский район расположен на юге республики и граничит с Мелеузовским, Куюргазинским, Зианчуринским, Зилаирским, Бурзянским районами Республики Башкортостан и Тюльганским районом Оренбургской области. Его территория 3371 кв. км, население на 1 января 2008 года составило 32 807 человека.
В настоящее время на территории района 113 населенных пунктов объединены в 21 сельские Советы. Районный центр – с. Мраково с населением 8917 человек находится от столицы республики города Уфы на расстоянии 271 км.